On je ubijen 12. marta 2003. godine u dvorištu zgrade Vlade Srbije, a za njegovo ubistvo na 40 godina zatvora osuđen je oficir Jedinice za specijalne operacije (JSO) Resora državne bezbednosti Zvezdan Jovanović. Na istu kaznu za organizovanje ubistva osuđen je i komandant JSO Milorad Ulemek.
Đinđić je bio prvi premijer posle pada režima Slobodana Miloševića 2000. godine i dolaska na vlast Demokratske opozicije Srbije (DOS), a za vreme njegovog mandata pokrenut je proces demokratizacije društva i korenitih ekonomskih i socijalnih reformi.
Đinđićeva vlada se snažno zalagala za saradnju s Haškim tribunalom za ratne zločine i za vreme te vlade uhapšeno je i tom sudu izručeno nekoliko optuženika, među kojima i bivši predsednik Srbije i SRJ Slobodan Milošević.
Đinđić je bio i jedan od osnivača Demokratske stranke (DS), u kojoj je bio predsednik Izvršnog odbora, a od januara 1994. do ubistva bio je predsednik DS.Bio je i prvi nekomunistički gradonačelnik Beograda posle 1945. godine.
